Alokasi DAK dilaksanakan seiring dengan pelaksanaan otonomi daerah sejak adanya Undang-undang No. 25 tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah sebagaimana telah diubah dengan Undang – undang Nomor 33 Tahun 2004 tentang Perimbangan Keuangan Antara Pemerintah Pusat dengan Pemerintah Daerah