Afirmasi kepada daerah kepulauan dalam perhitungan DAU dilakukan melalui perhitungan wilayah laut dalam alokasi DAU yang dilaksanakan sejak tahun 2008, dengan cara:

• memasukkan luas laut dalam variabel Luas Wilayah sebagai komponen kebutuhan fiskal daerah. Daerah yang memiliki luas laut kebutuhan fiskalnya menjadi lebih besar dibandingkan dengan daerah yang tidak memiliki luas laut (advantage bagi daerah yang berciri kepulauan).

• Meningkatkan bobot luas laut yang dipergunakan dalam perhitungan alokasi DAU. Pada tahun 2008, bobot wilayah laut untuk provinsi sebesar 25% dan kab/kota sebesar 35%, sedangkan pada tahun 2017 bobotnya menjadi 45% untuk Provinsi dan untuk kab/kota menjadi 50%, dan meningkat menjadi 100% pada tahun 2018 baik untuk provinsi maupun untuk kab/kota.

Adanya afirmasi ini dapat meningkatkan alokasi DAU wilayah kepulauan sehingga dapat meningkatkan pembangunan dan pelayanan kepada masyarakat pada wilayah tersebut.