Penilaian kelayakan usulan program dan kegiatan Dana Keistimewaan DIY dilakukan oleh kementerian/lembaga terkait yang menangani kewenangan keistimewaan DIY, dan dikoordinasikan oleh DJPK.
Penilaian kelayakan program dan kegiatan dilakukan berdasarkan:
Kesesuaian antara usulan dengan program prioritas nasional;
Kesesuaian antara usulan dengan Perdais;
Kewajaran nilai program dan kegiatan;
Asas efisiensi dan efektivitas;
Hasil pemantauan dan evaluai pelaksanaan Dana Keistimewaan DIY.