Beberapa kendala yang umumnya dihadapi daerah sehingga pelaksanaan belanja daerah tidak tepat waktu antara lain :

• penetapan Perda APBD yang terlambat, menyebabkan terlambatnya pelaksanaan kegiatan;
• terjadinya gagal lelang, sehingga pemda harus mengulang proses lelang yang pada akhirnya menghambat penyerapan anggaran dan pencapaian output; dan
• belum selesainya persiapan pelaksanaan kegiatan, misalnya pembebasan tanah.