Berdasarkan pasal 7 PMK No. 49/PMK.07/2016, dalam hal jumlah Desa di kabupaten/kota lebih sedikit dibandingkan dengan jumlah Desa yang ditetapkan dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri, bupati/walikota menghitung dan menetapkan rincian.

Dana Desa setiap Desa berdasarkan rincian Dana Desa setiap kabupaten/kota setelah dikurangi dengan jumlah Alokasi Dasar untuk selisih jumlah Desa dimaksud.

Demikian pula, dalam hal jumlah Desa di kabupaten/kota lebih banyak dibandingkan dengan jumlah Desa yang ditetapkan dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri, bupati/walikota menghitung dan menetapkan rincian Dana Desa setiap Desa berdasarkan jumlah Desa yang ditetapkan dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri.