Sanksi bagi Daerah yang bersangkutan adalah berupa penundaan penyaluran Dana Perimbangan sebesar 25% dari Dana Alokasi Umum (DAU) yang disalurkan setiap bulan. Apabila Daerah tidak mendapatkan DAU, maka penundaan dilakukan sebesar 25% dari jumlah DBH Pajak Penghasilan yang disalurkan pada tahun berjalan.

Prosesnya didahului dengan surat peringatan yang terbit paling lambat 15 hari setelah batas waktu penyampaian IKD, dan pengenaan sanksi paling lambat 30 hari sejak diterbitkannya surat peringatan.